Jeden z czołowych przedstawicieli Młodej Polski. Twórczość Mehoffera kształtowała się pod wpływem wiedeńskiej secesji i średniowiecznego francuskiego malarstwa witrażowego. Cechami stylu Mehoffera są: dekoracyjność linii i koloru, soczysta gama barwna, zamiłowanie do złoceń i ornamentów oraz wprowadzanie motywów ludowych, alegorycznych i symbolicznych.
W twórczości Mehoffera główne miejsce zajmują witraże i polichromie ścienne, należące do najwspanialszych osiągnięć sztuki dekoracyjnej w Polsce, 13 witraży w katedrze we Fryburgu szwajcarskim (1895 - 1936), witraże katedry wawelskiej (1902 - 1925), polichromia skarbca na Wawelu (1901).
Malował obrazy symboliczne (Dziwny ogród 1903), wnętrza (Majowe słońce 1911), liczne portrety (wizerunki żony, autoportrety, Śpiewaczka 1895). Mehoffer projektował meble, dekoracje teatralne, wnętrza. Uprawiał grafikę użytkową.