Naukę malarstwa rozpoczął terminując w krakowskim cechu malarzy. Wkrótce dzięki opiece księdza Sebastiana Sierakowskiego, kustosza kapituły krakowskiej,  który polecił go Bacciarellemu, trafił ok. roku 1790 do warszawskiej "malarni" tego malarza. Obdarzony zdolnościami czynił szybkie postępy. Część jego prac trafiała do zbiorów królewskich. Był uczestnikiem insurekcji kościuszkowskiej, a po jej upadku przez 2 lata przebywał u Czartoryskich w Puławach. Potem podróżował po Wołyniu, a w 1797 roku osiadł na stałe w Warszawie.
Kazimierz Wojniakowski malował obrazy olejne, niekiedy posługiwał się  pastelami. Był także biegłym rysownikiem. Do największych osiągnięć doszedł w portretach. Pozostawił wizerunki Napoleona, księcia Józefa Poniatowskiego, Tadeusza Kościuszki i wielu przedstawicieli polskiej arystokracji.