 Ich środowisko przyrodnicze odznacza się dużą specyfiką, wynikającą z kształtowania się w warunkach braku dostępu światła słonecznego oraz stałego mikroklimatu – zazwyczaj brak wahań temperatury i duża wilgotność. Dzięki takim warunkom, jednostajności pożywienia, mniejszej niż na powierzchni konkurencji międzygatunkowej itp. możliwe jest przetrwanie unikatowych, „reliktowych” form fauny i flory z poprzednich okresów geologicznych (plejstocen, pliocen).
Dla przebiegu fotosyntezy niezbędny jest dostęp światła, tak więc rośliny mogą występować jedynie w przyotworowych partiach jaskini. W miarę zmniejszania się ilości docierającego światła spada również liczba występujących gatunków. W strefie przyotworowej może rozwijać się roślinność naskalna, w miejscach, gdzie dociera światło odbite i rozproszone – paprocie, mchy, a także glony. Żyjące w ciemnych partiach jaskini grzyby i bakterie odżywiają się szczątkami materii organicznej (odchody nietoperzy, martwe organizmy itp.).
Wśród zwierząt spotykanych w jaskiniach można wyróżnić:
- troglobionty – organizmy występujące tylko w jaskiniach i wodach podziemnych, gatunki zamieszkujące te ostatnie określa się niekiedy osobnym mianem stygobiontów, przykładami są np. studniczek (Niphargus) czy odmieniec jaskiniowy;
- troglofile – występujące w jaskiniach i w zbliżonych warunkach siedliskowych (w glebie, pod kamieniami itp.), przykładami są np. pająk Meta menardi czy skoczogonek przyślepek warzywny (Onychiurus armatus);
- troglokseny – wykorzystujące jaskinie tylko czasowo jako ochronę przed wpływem warunkach atmosferycznych, określonej porze doby czy roku, przykładami są np. nietoperze, chruścik Stenophylax permistus czy ćma szczerbówka ksieni (Scoliopteryx libatrix);
- tychotroglobionty – takie, które dostają się do jaskini przypadkowo (np. lis czy chrząszcze z rodziny biegaczowatych), często grupę tę łączy się z trogloksenami.
Namuliska jaskiń mogą dostarczać informacji o wymarłych gatunkach zwierząt. Dzięki ochronie przed warunkami atmosferycznymi oraz konserwującej roli związków wapnia, istnieją tu lepsze warunki dla zachowania elementów ich szkieletu kostnego czy śladów bytowania (koprolity), niż na zewnątrz. |
